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在建筑合同中，业主对承包商有一个巨大的优势——支付工程款。业主可以通过支付工程款对承包商形成制约。在实践中一个经常发生的情况是，业主指责承包商完成的工程有缺陷，在应当支付的工程款（进度款）中扣除相应部分的款项。拒付工程款在建筑合同中是一个很严重的行为，FIDIC合同条件和我国GF-1999-0201建设工程合同条件均规定业主拒付工程款，承包商可以停止施工或解除合同。在这种情况下，业主要承担违约责任。
我们认为，业主以承包商的施工有缺陷为由扣留工程款，最起码的要求是业主必须已经正式提出了索赔，尤其FIDIC合同条件下通过中立的工程师提出正式的索赔报告；否则，如果允许业主任意以施工有缺陷为由扣留工程款，将对承包商造成极大的不公平。即便正式提出了索赔，一般也不允许业主在索赔没有确定以前扣留工程款。当然，这要看有关法律和合同条款是如何规定的。FIDIC合同条件和我国GF-1999-0201建设工程合同条件对此都没有具体明确的规定，应当认为业主没有这样的权利。
在美国的一个案例中，一项法律允许在对承包商的索赔没有确定以前，业主（公共机构）有权停止付款。法院判定这项法律是违反宪法的，理由是这项法律等于没有经过正当的法律程序就剥夺了承包商的财产权。在另外一个案例中，分包商的供应商提出了索赔请求。法院认为，由于总承包商本来可以要求分包商提供保函来保护自己，但总承包商却没有要求。因此，业主扣留总承包商两倍的索赔额得到了法院的支持。
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