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在承包商已经实质性地履行了合同（substantial
performance），而只有一些小的细节没有完全符合合同，其错误既不是欺诈性的，也不是故意的，承包商有权取得工程款。当然要对其缺陷予以适当扣款。
确定是否实质性履行了合同的一个关键是：承包商是否已经以其善意，努力地按照合同要求履行合同。
判定是否实质性地履行合同不一定严格根据图纸与技术说明来衡量，除非其中所有的细节都是重要的；而是根据承包商的履行是否基本上实现了合同的目的来判断。这样，对案件必须给以公平的考虑，以免只有轻微的、非故意不履行的承包商，在业主没有遭受不合理的损失的情况下不至于承担过于严酷的结果。
在这样的考虑下，对于承包商的轻微违约行为，如果业主扣留过多的工程款是不合理的，本身构成了违约。
对于有缺陷，但已经实质性完成的工程应如何确定应当支付的款额呢？这也是一个要根据具体案情具体分析的问题。
一般地说，已经实质性地履行了合同的承包商可以取得合同款额，扣除弥补其缺陷所花费的合理费用。但当如果不重新施工不能弥补其缺陷，或者弥补缺陷要很大程度上破坏已经建成的工程，而这时，法院仍然认定承包商已经实质性地履行了合同，如何计算承包商应当获得的工程款？承包商有权获得的工程款是在扣除了按照合同建成后的价格与已经建成的建筑物之间的价格差额之后的款项。谁主张已经实质性履行了合同，谁负责举证证明工程缺陷程度和弥补该缺陷的费用。
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